„Baltix GNU/Linux Server“ sistemą tvarkyti ir prižiūrėti galima įvairiais būdais:
 - grafinėje aplinkoje, naudojant intuityvius priežiūros ir konfigūravimo įrankius;
 - tekstinėje aplinkoje, vykdant priežiūros komandas bei keičiant konfigūracijos f ailus;
 - nuotoliniu būdu, per interneto naršyklę.

Paprasčiausia yra dirbti grafinėje aplinkoje arba per interneto naršyklę. Pastarasis būdas aprašytas kitame skyriuje.

Pagrindiniame meniui (paspaudę ant mygtuko apatiniame kairiam ekrano kampe) yra skyriai „Sistemos įrankiai“ (System Tools) bei „Nustatymai“ (Settings), kuriuose ir rasite pagrindinius sistemos konfigūravimo įrankius:

 - Spausdinimo sistemos bei spausdintuvų;
 - Vaizdo posistemės bei monitorių;
 - Atnaujinimų tvarkytuvę;
 - Sistemos naudotojų ir grupių;
 - Kompiuterio diskų bei jų skirsnių;
 - Failų serverio "Samba";
 - Tinklo bei interneto nustatymus ir diagnostikos;
 - Kitus sistemos priežiūros bei konfigūravimo įrankius.

Papildomą programinį įrangą galite paprastai įdiegti su paketų tvarkymo priemone (pagrindiniame meniui „Sistemos įrankiai“ -> „Paketų tvarkyklė Synaptic“).

Norintys išmokti dirbti komandinėje eilutėje gali pasiskaityti "pagrindinių Linux komandų bei darbo tekstinėje aplinkoje pradžiamokslį".

Daugiau informacijos apie konkrečiais šioje sistemoje pateikiamas programas gausite paspaudę ant norimo skyriaus kairiame šio lango šone.

Informaciją apie Baltix GNU/Linux rasite http://baltix.akl.lt